Проблема с глубиной чистовой фрезы

Это не проблема, станок когда делает чистовую обработку он смотрит на срезанный рельеф, а если у Вас первый слой не срезался, то он и обрабатывает ка по нулю - соответственно ничего не задевая, тут 2 варианта может быть для решения этого вопроса:

1-Принудительно пред чистовой обработкой опускать фрезу чуть ниже уровня заготовки на 0.3-0.5 мм.
2-В уп-шке задать там где материалл, что-бы срезал первый слой на 1 мм.

Тогда все будет работать согласно Вашего припуска по черновой, т. е. срезать ВСЁ, а не летать над буквами в положении Z-нулевой....

То есть, если 1-2 мм полностью счистить сверху, то потом чистовой все нормально должно быть? Я ничего не счищал

Вы ошибаетесь, он далеко не одинаковый, разные режимы и разные настройки, это внешне может кажется что "окошки" одинаковые, но выполняют свою стратегию по разному........