Смещение координат после замены кареток. Как настроить?

Добрый день! Станок 1224, куплен в мае 2018г.
Знаю, похожие темы есть, но они не в тему, т.к. изначально вырезал станок без проблем.
Мы ступанули, при замене кареток не поставили метки на рельсах и теперь не можем идеально выставить. Меняли все каретки, на всех осях, поэтому разбирали весь портал. Смещение на плоскости 600*600мм, примерно 3мм.
Калибровку осей в Mach3 делали по вашему видео https://www.youtube.com/watch?v=pReJDu-0mMY
Пробовали на плоскости вырезать квадрат 600*600мм по УП, диагональ замеряли - расхождение 0.5мм. Это в принципе не критично, но по факту фрезеровки полноценной УП уходит на 3мм. Замеры длины сторон показали, что стороны по оси Y больше, чем по X примерно на 0.5мм. И когда в туже УП квадрата добавляешь линию, разрезающую квадрат на 2 части, то точка А и Б также имеют разбежку.
Нужна идеальная фрезеровка. Вопрос только в том, как настроить сам станок? В Mach3 думаю проблем нет, т.к. за полтора года ничего не меняли в настройках, кроме недавней калибровки.